Velmi rozšířenou představou je, že existence zoologických zahrad významně napomáhá k zachování ohrožených živočišných druhů. Drtivá většina zvířat v nich držená však na seznamu ohrožených druhů vůbec není. Existuje několik kategorií rozdělující jednotlivé druhy podle hrozby vyhynutí, a sice: vyhynulý, vyhynulý v přírodě, kriticky ohrožený, ohrožený, zranitelný, téměř ohrožený, málo dotčený.

Poslední dvě kategorie zahrnují zvířata, jejichž počty v přírodě nesplňují podmínky pro udělení statusu ohrožených. A právě takových druhů je v zoologických zahradách nejvíce. Ve čtyřech největších ZOO v České republice (v Plzni, Praze, Ostravě a Olomouci) je drženo zhruba 81 % druhů zvířat, jež nejsou v přírodě ohrožena. Přičemž v největší z českých zahrad (plzeňské), musí trávit život dokonce 84 % neohrožených živočišných druhů.

Smutnou zprávou je, že zoologická zvířata skutečně čelící v přírodě vyhynutí, se pravděpodobně nikdy do svého přirozeného prostředí nevrátí. Jejich chov je zaměřen především na udržování populací v zajetí. 

Problémem spojeným s navracením jedinců do přírody je skutečnost, že v nepřirozených podmínkách žije již řada jejich generací, což zhoršuje schopnost v divoké přírodě přežít. Mezi hrozby patří nedostatečná imunita, neschopnost vyhýbat se predátorům, nalézt potravu a úkryt, cestovat, orientovat se v terénu či začlenit se mezi ostatní jedince ve skupině. U masožravců navíc dochází vinou neustálého poskytování potravy bez vlastního zapříčinění, ke ztrátě loveckých schopností. Jsou známy případy, kdy k vypuštění zvířat došlo, ale reintrodukční programy zcela selhaly. Šimpanzi se například nedokázali začlenit do divokých populací, vlci neutíkali před nebezpečím či papoušci nedokázali rozpoznat predátory.

V tomto směru je též potřebné si uvědomit, že prostředí, ze kterého zvířata pocházejí se mohlo proměnit. Enviromentální změny v dané oblasti nemusí být pro zvířata už vůbec příznivé. Daleko lepším řešením je jejich ochrana v místě přirozeného domova, místo násilného převážení z jedné polokoule na druhou a držení dalších generace v umělých podmínkách. Navíc ochrana druhu ve volné přírodě chrání společně s ním i celé společenstvo, jež může čítat tisíce druhů a zároveň poskytovat řadu ekosystémových „služeb“.